Una de las prioridades de Trees, Water & People es defender la soberanía Indígena, según la cual las comunidades Indígenas tienen voz y voto en cualquier decisión que afecte a sus tierras, recursos, población, cultura y gobernanza.

En Honduras, los Indios Laborios de la Aldea de Suyapa están a punto de conseguir una gran victoria para su soberanía, al declarar más de 5.000 hectáreas de su bosque comunal Reserva de Fauna Silvestre registrada a nivel nacional, que sería co-gestionada por las comunidades locales.

Durante siglos, los pueblos indígenas de toda América Latina han luchado contra la colonización, el desplazamiento, los derechos territoriales, y la recuperación de su soberanía indígena. En Guatemala, la guerra civil (1960-1996) provocó el desplazamiento de miles de personas en todo el país, obligándolas a emigrar a otros países vecinos.